Στην πνευματική παράδοση των αρχαίων Ελλήνων, η Μέδουσα συνδεόταν κατά κάποιο τρόπο με τον φόβο που προκαλεί στους ανθρώπους το ‘άγνωστο’, το τελείως διαφορετικό.
Ειδικότερα, οι θρησκευτικές πρακτικές που συνδεόταν με την λατρεία της, δεν έφεραν ομοιότητες με τις υπόλοιπες θεότητες. Δεν υπήρχαν αφιερωμένοι ναοί, όπως επίσης και καθιερωμένες εορτές. Εκείνο που είχε σημασία, ήταν το προσωπείο της, στο οποίο αναφερόταν μια περίεργη δύναμη και μόνο αυτό.
Αν και δεν υπάρχουν στοιχεία και σημαντικές αναφορές που να μας οδηγούν στην άποψη πως η Μέδουσα κατείχε σημαντικό μέρος στην λατρεία των αρχαίων Ελλήνων, ωστόσο κάτι τέτοιο επιβεβαιώνουν τα αρχαιολογικά ευρήματα που ήρθαν στο φως τα τελευταία χρόνια. Η ύπαρξη των οποίων αγνοούνταν επί αιώνες. Πρόκειται για ανάγλυφα προσωπεία Μέδουσας, η τεχνοτροπία και το μέγεθος αυτών μας πείθουν για την σημαντικότητά τους ως ιερά αντικείμενα.
Επιπλέον, σύμφωνα με τον Αριστοφάνη, μικρά αγαλματίδια και γλυπτά, όπου απεικονιζόταν το προσωπείο της, αποτελούσαν απαραίτητο στοιχείο διακόσμησης κάθε σπιτιού και δημόσιου χώρου. Ενώ ταυτόχρονα, αποτελούσαν αντικείμενα προστασίας από το ‘κακό μάτι’ και κατά επέκταση από την αρνητική ενέργεια. Ακόμη, όπως είναι γνωστό, τα προσωπεία αυτά ήταν γνωστά και ως Γοργόνεια και χρησιμοποιούνταν σαν βωμοί σε ιερά που ήταν αφιερωμένα στις νύμφες των υδάτων.
Ωστόσο, με βάση των συγκεντρωμένων δεδομένων, δεν έχει εντοπιστεί η πραγματική ιερή σημασία αυτού του τόσο σημαντικού συμβόλου. Ίσως να υπήρχε και κάποιος άλλος λόγος της ύπαρξής του. Ίσως να σχετίζονταν με την απόλυτη μυστικότητα που διακατείχαν τα ιερά μυστήρια και τελετές, γεγονός που υποδηλώνεται από την έλλειψη πληροφοριών. Βέβαια, όποια εκδοχή και να ισχύει, δεν αναιρείται το γεγονός της σπουδαιότητάς του ως ένα από τα σημαντικότερα ιερά σύμβολα των αρχαίων Ελλήνων. Ένα μυστήριο από τα πολλά που αποκρύπτει καλά η αρχαιότητα.